反相液相色譜可供選擇的固定相種類繁多令人眼花繚亂，即使是某一種固定相(例如C18)的可選擇種類也是很多的。　　老實說，我們的很多方法開發(fā)都是在嘗試和錯誤中進行，這些都是基于我們喜愛的供應(yīng)商提供的成熟的或者新興的固定相。即使是先進的含有仔細(xì)考量的正交化及電腦優(yōu)先洗脫設(shè)計的“篩選"平臺，有時也不得不采取“色譜的本能"。　　反相色譜中的保留是基于被分析物、流動相、鍵合相以及鍵合了配體的硅膠表面的活性和其可接觸性之間的平衡。 想要搞清楚影響分離效果的保留機理，就要考慮并明確化學(xué)鍵合相、活性硅膠表面的處理、硅膠表面的可接觸性等因素，這些都將影響色譜柱的原始選擇性及方法開發(fā)的優(yōu)化。　　在大多數(shù)反相分離中色散作用是起主要作用的，尤其是那些使用未改性的烷基配體(C18、C8、C4)，其保留能力是與被分析物的疏水性成正比的。含有芳香基團或不飽和基團的固定相或被分析物進行分析時，電荷轉(zhuǎn)移(或π-π)作用是起主要作用的。偶極-氫鍵相互作用對于極性化合物的保留是很重要的，含有“氰基"的固定相會增強對極性化合物的保留。被分析物的電離部分與硅膠表面之間存在靜電作用力，這是由于硅膠表面有殘留的可離子化的硅醇基。　　當(dāng)前有許多色譜柱分類系統(tǒng)存在，這些系統(tǒng)都是基于對已知化學(xué)探針物質(zhì)的檢測，從而來描述固定相的*特性。一個非常有用的例子就是美國藥典(USP)中的產(chǎn)品質(zhì)量研究數(shù)據(jù)庫(也就是PQRI系該的*特性。一個非常有用的例子就是美國藥典(USP)中的產(chǎn)品質(zhì)量研究數(shù)據(jù)庫(也就是PQRI系該數(shù)據(jù)庫采用保留(1,2)的疏水減法模型來描述固定相的疏水性(H)，判斷疏水性類似而有不同形狀或流體力學(xué)體積的被分析物的空間結(jié)構(gòu)選擇性參數(shù)(S),在pH值為7.0和2.8時的氫鍵(作為路易斯酸或路易斯堿)和靜電作用參數(shù)(C)。pH值為7.0時硅醇基活性很強，pH為2.8時具有酸性的硅醇基將會與極性或可離子化的被分析物發(fā)生作用產(chǎn)生拖尾。*的或正交的固定相一般會有較大的S、B和C(7.0)值。這些大型的數(shù)據(jù)庫對于比較固定相的特點是很有用的，“雷達圖"也是另一種比較固定相特點的有用方式。